尽管肉菜流通追溯体系建设已见成效，不过，肉菜流通追溯体系建设仍面临一些困难和挑战。 商务部市场秩序司司长常晓村表示，从前期试点情况看，批发环节能否实行电子结算是制约追溯体系建设运行的关键。 江苏省商务厅负责人就表示，目前，江苏省多数批发市场未使用电子结算系统，对手交易占主导，经营管理比较粗放，达不到记录并追溯每笔交易数据的要求，普遍存在把关不严，不严格遵守进场登记、验票验货和质量抽检等制度，直接影响追溯源头信息的真实性。 基于此，一些试点城市已经找到了对策。 青岛市城阳蔬菜批发市场始建于1984年，占地1005亩，是全国五大蔬菜批发市场之一。2012年，该市场的交易额达到了181亿元。 如今，这里的蔬菜摊位都配备了蔬菜流通追溯电子称，共有300多台，通过这一终端，选菜、称重、结算可以一次性搞定。 城阳蔬菜批发市场负责人告诉记者，与超市、农贸市场一样，结算时，购买者同样可以获取一张带有追溯码的销售小票，从而实现蔬菜的可追溯。 也有试点城市，已经开始探索将电子结算与银行卡结算系统对接，实现资金流、信息流和物流的合一，效果显著。 除此之外，肉菜生产源头规模化、组织化、标准化建设建设仍较薄弱，尤其是一些试点肉菜供应的一大部分都来自外埠，不仅加大了试点城市肉菜流通追溯工作的难度，也无形中增加了肉菜流通安全隐患的存在。 杭州市正在逐步做好与农业种养环节的衔接，到目前，已基本达到也本地农业种养环节产地标识系统的链接和信息对接上传。 郑州市外埠肉占全市肉类供应量的50%~60%。“为了切实保证肉类追溯体系全覆盖，郑州市投入130万元，为外埠肉经营企业免费提供软件和技术咨询，并以政府公开招标价格提供设备支持，来打造郑州市的外埠肉追溯体系，使得肉类追溯范围达到最大化。”郑州市商务局相关负责人表示。